根据《个人所得税综合所得汇算清缴管理办法》（国家税务总局令第57号）第十八条规定，在汇算清缴期内纳税人自行办理或者委托受托人办理的，向纳税人任职受雇单位的主管税务机关申报；有两处及以上任职受雇单位的，可自主选择向其中一处主管税务机关申报。
由单位代为办理汇算清缴的，向单位的主管税务机关申报。纳税人没有任职受雇单位的，向其主要收入来源地、户籍所在地或者经常居住地的主管税务机关申报。主要收入来源地，是指纳税年度向纳税人累计发放劳务报酬、稿酬及特许权使用费金额最大的扣缴义务人所在地。
汇算清缴期结束后，税务部门为尚未办理汇算清缴的纳税人确定其主管税务机关。除特殊规定外，纳税人一个纳税年度的汇算清缴主管税务机关一经确定不得变更。
